אוניית המכולה החדשה הראשונה של MSC נרכשה רק בשנת 1996, 26 שנה לאחר הקמת החברה (תחילה המטה של החברה היה בנאפולי ואחר כך עבר המטה לג'נבה). עד אז האסטרטגיה של MSC הייתה צמיחה דרך רכישת אוניות יד שנייה.
האונייה החדשה הראשונה נקראה אלקסה על שם בתו של ג'אנלואיג'י אפונטה והאונייה השנייה רפאלה על שם רעייתו הישראלית לשעבר.
שתי האוניות ההיסטוריות נמכרו כעת לגריטה. ה-MSC Alexa בת ה-3,300 TEU, נבנתה במספנת Fincantieri האיטלקית ואחריה MSC Rafaela.
ב-1996 MSC דורגה במקום ה-12 עם חמישית מהקיבולת של הצי של המובילה בדירוג: מארסק. היום MSC מדורגת ראשונה.